1. Sau khi cài đặt công cụ thiết lập máy chủ ký số. Nhấn biểu tượng MISA SignedService trên màn hình Desktop.
2. Chọn chứng thư số sử dụng.
Lưu ý:
- Nếu dùng chứng thư số USB Token: cần cắm USB Token vào máy tính.
- Nếu dùng chứng thư số Server: chương trình sẽ yêu cầu nhập mã PIN của chứng thư số.
3. Nhấn Chạy/Tiếp tục.
4. Để ẩn giao diện thiết lập ký số, nhấn biểu tượng dấu trừ 
Lưu ý:
- Sau khi thiết lập máy chủ ký số lần đầu, Kế toán cần nhấn biểu tượng dấu trừ chứ không nhấn Đóng hoặc biểu tượng dấu X vì sẽ làm công cụ bị tắt, không thể ký số được. Từ lần sau, mỗi khi khởi động máy tính, công cụ thiết lập ký số sẽ tự động chạy ngầm, Kế toán không cần mở lại nữa.
- Nếu muốn chọn sang chứng thư số khác thì sau khi chọn chứng thư số mới, kế toán cần đóng công cụ (nhấn Đóng hoặc nhấn biểu tượng dấu X), sau đó bật lại và nhấn Chạy/Tiếp tục.
